Естественно, что все преимущества .NET, которые мы перечислили выше, не могут быть абсолютно бесплатными. Как и у любой другой архитектуры, у .NET есть свои недостатки.
Самым ощутимым недостатком является существенное замедление выполнения программ. Это неудивительно, так как между исходным языком и машинным кодом вводится дополнительный уровень, MSIL. Однако промежуточное представление .NET с самого начала проектировалось с прицелом на компиляцию времени исполнения (в отличие, например, от Java bytecode, который разрабатывался с прицелом на интерпретацию).
Это дает некоторые дополнительные возможности по борьбе с замедлением. Например, можно равномерно распределить замедление при запуске, так как обычно компилируется не вся библиотека, а только тот метод, который вызывается, и повторной компиляции одного и того же метода не производится.
Другая проблема .NET заключается в том, что при ее создании основной упор был сделан на С++/Java-подобные языки (например, конструкторы с именем, равным имени метода, запрет множественного наследования и т.п.). Это ограничивает возможности интеграции некоторых языков с более богатыми возможностями, особенно с принципиально отличающимися языками, такими как функциональные языки (ML, Haskell, Scheme) или устаревшие языки (Кобол, PL/I). Во многих случаях разработчикам компиляторов все-таки удается реализовать "проблемные" особенности исходных языков в рамках .NET, пусть даже и не слишком тривиальным образом - достаточно сказать, что уже существуют реализации типичных представителей этих классов языков для платформы .NET. Другое направление связано c развитием самой платформы .NET: например, недавно было заявлено о поддержке платформой .NET механизма параметрического полиморфизма (generics).
Наконец, наблюдается и движение с противоположной стороны: уже сегодня стандарты некоторых языков программирования претерпевают значительные изменения для того, чтобы эти языки могли быть поддержаны в .NET.